(50 Umbauten und Neuproduktionen)

1985 wurde der Chefdesigner des russischen Radarherstellers Phasotron Alexander Tolkatschew als Spion entlarvt. Nachdem man erfahren hatte, dass er für ca. 1,2 Mio. Dollar über 61 Filme und 2000 Dokumentenseiten mit Informationen über die Radare der MiG-29 und 31 sowie des A-50 AWACS und das sowjetische Freund-Feindkennsystem verraten hatte, wurde ein Dringlichkeitsprogramm initiiert. Die neue Verwundbarkeit des Radars und einiger anderer verratener Systeme sollte 1991/92 mit Einführung der 9-13S durch neue Algorithmen im Radarcomputer behoben werden. Als wichtigste Verbesserungen erhielten diese Maschinen ein neues Radar in Form des N-019M („Topaz"), das vor allem bessere Störresistenz als das Vorgängermodel aufweisen soll. Außerdem können mit dem aktiven Radarflugkörper R-77 erstmals zwei Ziele gleichzeitig angegriffen werden. Die MiG-29S wurde mit neuem verbessertem Infrarotsuchgerät und besseren Testmöglichkeiten für das Radar ausgerüstet. An Bewaffnung kann sie zusätzlich die infrarotgesteuerte R-27T sowie die reichweitengesteigerten R-27ER und ET tragen. Die externe Waffenzuladung wurde von 3000kg auf 4000kg und der maximale Anstellwinkel auf 28° erhöht.

Die russischen Streitkräfte kauften jedoch nur 16 Maschinen, die erst 1994 einsatzbereit waren. Die restlichen 34 Maschinen wurden später für den Export als MiG-29SE angeboten. Ab 1993 wurden noch einige Verbesserungen stufenweise angeboten. Ab 1995 sollte auch Luftbetankung erhältlich sein sowie einige Luft-Boden Anwendungen für das Radar und die Integration von Luft-Boden-Lenkwaffen. Die meisten dieser Verbesserungen verspäteten sich jedoch erheblich und wurden erst für spätere Exportmodelle verfügbar (siehe MiG-29SE/SM). Die Produktion des R-77 Flugkörpers wurde durch den Zerfall der Sowjetunion erheblich verzögert, da die Produktionsstätte aus der Ukraine nach Russland verlegt werden musste.